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目前，分子生物學正在并終肯定會讓我們對整個生命科學有一個全面而*的認識，其對免疫測定技術發展的影響也是直接而又有效的，它使我們對以前一些難以檢測的生物活性物質的測定變得輕而易舉，并且大大提高了檢測的靈敏度和特異性。
較早用于免疫測定的基因工程抗原是HBcAg和HBsAg，這兩種基因工程抗原的出現，較好地解決了抗HBc和HBe的測定問題。因為要從病毒本身去大量獲取這兩種純抗原較為困難，并且這一點對于難培養的病原微生物來說，如HIV、HCV和梅毒螺旋體等都有些共性。
一、ELISA
HCV目前尚不能體外培養，只能用基因工程或化學合成方法獲取HCV結構和非結構區的各種抗原片斷，已知HCV基因組有7個功能區組成：核心、E1、E2/NS1 NS2 NS3 NS4 NS5（有分為NS5a和NS5b）區，合成抗原的優點是易于純化，特異性好，抗原抗體反應強。
二、代抗HCV-ELISA
由美國ortho公司克隆C1003抗原幾個片斷與人超氧化物歧化酶（SOD）結合。用酵母從病毒基因組非結合區得到表達，表達為融合蛋白，亦作為包被固相載體。
抗原組合：NS4 區二個基因片斷為NS 5-1-1和C1003
特性：IgG抗C100在發病后數月后，才檢出，故不宜作早期診斷。
約由20%的病人不出現抗體。IgM抗-C100急性期檢出率只有64%。
C100的抗原性較弱，在HCV復制中，不能充分暴露宿主的免疫系統。
特異性和靈敏性較差。
三、第二代HCV-ELISA試劑盒
用基因重組的HCV結構蛋白與非結構蛋白抗原包被固相載體。
抗原組合：核心區（C區）多肽C22 NS區多肽C33 C1003和NS 5-1-1
增加C22區和C33區后，抗體出現早，有助早期診斷，提高陽性率。有利早期診斷。
C22是早期易出現病毒血癥
四、第四代HCV-ELISA 試劑盒
美國新近推出一種包括HCV基因組7個功能區所有免疫決定基的單一融合蛋白，稱為多決定基融合抗原，采用表面活性劑處理分界病毒表面復合物，釋放HCV核心抗原 （core）并用ELISA法，靈敏度可達500拷貝/ml，已接近核酸擴增檢測水平。
抗原組合：以Core和NS3作為主要檢測片斷（比例十分重要）加合成多肽NS4
特點：
① 直接測Core抗原；
②不易發生變異；
③ 抗IgM 和IgG檢出率可達100%；
④ 特異性達99。8%靈敏度為100%。
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